第二是人才流失和不均衡的分布。80年代为什么乡镇企业蓬勃兴起，主要是当时农村积攒了一批人才和底气。从此之后，农村的人才不断外流，导致乡镇企业人力资源接济不上，创造精神和创业资源缺乏和枯竭，这也是最近几年乡镇企业后劲不足的重要原因。城乡差别的实质，是一个国家的财富资源在城市高度集中，而财富资源不仅包括实物资产，更包括人力资源。也就是说农村的贫穷还有知识和人才的贫穷。当今的中国，凡是有能力的人没有愿待在农村的。几十年来，农村的智力资源大批向城市集中，凡是头脑聪明的，都通过考学进入了城市，凡是有点门路的都通过招工、投亲等渠道涌向城市。最后剩在农村的大多是智力一般的人。与人才一起流走的不仅是农村优秀的人才，更有大量的资金。据统计，1985年至1994年，净流出农村的资金累计达3057亿元，年均300亿元。农业投资在整个国民经济总投资中的比重持续呈下降趋势。“一五”至“五五”期间，农业投资所占比重一般稳定在10%左右，但从1981年起，这个比重逐渐缩减。
第三是迟滞中国的城市化进程和农村工业化进程。由于计划经济和户籍制度障碍，中国的农村劳动力转移比其他国家慢了许多少了许多。以韩国、菲律宾、泰国、印度尼西亚为例，这四个国家在70年代初和90年代初期，都曾推出农业剩余劳动力大规模向非农产业转移的措施，其第二产业和第三产业新增就业之比分别为1：1.5、1：2.9、1：2.5、1：1.9。将四个国家的情况平均起来看，第二产业每增加1个就业岗位，第三产业相应地增加1.5到2.9个就业岗位。但在我国乡镇企业高速发展的1979年到1996年，乡镇企业中的第二产业职工净增7839万人，交通运输和商业饮食等[不是第三产业的全部]仅增加2739万人，第二产业与第三产业新增就业之比为1：0.35。按农业部乡镇企业局对我国乡村劳动力行业分布的统计口径计算，1984年到1996年，上述比例也不过是1：0.65。如果我国农村剩余劳动力转移的就业比达到1：1，20年间至少可多创造3000万到4000万个第三产业的就业岗位。要是比例达到1：2，那就要多增加大约1.5亿人的第三产业就业人口，中国的城市化率要比现状大大提高。由此可见制度的障碍对现实有多大。
1980年至1990年，全国农村年末生产性固定资产原值从1082亿元增加至3898亿元，年均增长13.7%。1990年至1998年，农村年末生产性固定资产总值增至17940亿元，年均增长21%。建国50年来，中国农村的农业要素投入结构正在不断发生变化，资本要素正在不断增加，不断流入农业，农业资本和劳动的比率正在发生变化。目前，中国农业已进入资本替代劳动的加速时期。一场农业工业化的运动马上就要在中国农村展开。但是，在这场农村工业化和现代化的过程中，一个尖锐的矛盾诞生了，那就是机械化和工业化导致的大量农村剩余劳动力向哪里转移？从理论上讲，这些劳动力只能向新兴的劳动部门转移，例如向城市的第三产业转移。但是，我国目前的转移机制存在巨大的问题，导致农村剩余劳动力流动困难，需要劳动力的部门又因为缺少廉价劳动力而发展不起来。
