技术研究专项经费：高技术研究专项经费即“八六三”经费，是用于国家高技术研究发展计划的专项经费，它的使用方向主要为八个高技术领域。其中科技部归口管理的领域有：生物领域；信息领域；自动化领域；能源领域；新材料领域；海洋领域。
科技外事经费：科技外事经费包括：科技外交经费、科技对外援助经费，以及根据国务院批准的计划向一些国际组织的捐赠及交纳会费。科技外交经费主要内容有驻外机构经费、出国费、招待费等，科技对外援助经费主要用于由我部执行的对外科技合作项目支出等。
科研院所技术开发研究专项资金：依据国家有关的财经法规和财务制度及财政部、科技部《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革中若干财务和资产管理问题的通知》而设立的专项资金，主要用于保持和提高中央级科研单位的开发研究实力和持续创新能力，以促进科研单位的改革与发展。专项资金的来源主要为中央财政拨款，支持方向主要用于支持中央级技术开发型科研机构（包括1999年以后转制的原中央级技术开发型科研机构）以开发高新技术产品或工程技术为目标的应用开发研究工作。
学术著作出版基金：为支持优秀科学技术学术著作出版，繁荣科技出版事业，促进科技事业发展，国家财政拨出专款，建立国家学术著作出版基金（以下简称学术著作出版基金）。学术著作出版基金面向全国，专项用于资助自然科学和技术科学方面优秀的和重要的学术著作的出版。学术著作出版基金的使用以国家科技发展政策为导向，与国家科学研究和人才培养计划相结合实行自由申请、公平竞争、专家评议、择优支持的原则。学术著作出版基金自1997年开始，每年评审一次。
基本建设经费：由国家计委根据国家基本建设计划下达的预算内拨款。主要用于科技部机关及部属事业单位的基本建设工程。
中国科学院经费：主要包括中科院系统科学
