国家创新体系应该是层次结构合理，体制、机制更新，适应时代发展规律，面向世界、面向未来的崭新创新系统。它应该是由国立研究机构、地方研究机构、大学研究机构、企业研究开发机构和民间科技中介机构等组成的有序结构，分别发挥知识创新、技术创新、知识传播、知识应用等各有侧重的功能。政府和市场将分别在资源配置、战略引导、政策调控、法制保证、文化环境和舆论建设等方面发挥其作用。政府主要的职能在于制订科技政策和长远的宏观的发展战略，增加和引导社会对科技的投入，支持基础和战略性研究发展，改善科学和教育基础设施建设，发展教育，培养人才，对科技活动进行宏观的监督和评估。在全社会营造尊重知识，尊重人才，鼓励创新的舆论和文化氛围，推动科学的普及，弘扬科学精神，提倡科学方法和高尚的科学道德。社会需要和市场将对科技发展尤其是高技术发展和转化起主导作用和基础作用。企业是技术创新的主体和投入的主体。社会需求和市场需求也是政府制订科技政策和规划的主要依据。

国家创新体系是一个宏大的有机网络系统，是互相紧密联系又分工合作的有机整体，并需要社会法律、政策、科技价值观、舆论和文化氛围的保证和配合。教育体制、创新人才、全球化的信息网络和必要的科技投入是国家创新体系的资源基础。

作为国家科研机构的中国科学院既是国家知识创新系统的核心组成部分之一，也是我国国家创新体系的重要组成部分。