工厂化农业则是设施农业的高级层次，是指在相对可控的环境条件下，即借助于大型现代化温室的工厂化农业。一般包括加热系统、降温系统、通风系统、遮阳系统、滴灌系统和中心控制系统等。采用工业化生产方式，实现集约高效及可持续发展的现代化生产方式。主要是利用成套设施或综合技术使种养业生产摆脱自然环境的束缚，实现周年性、全天候、反季节的企业化规模生产。主要指工厂化育种育苗、工厂化生产蓄禽等，工厂化农业突破了养、种植业生产中的传统观念，具有科学和现代的涵义，最大限度地摆脱了自然条件的束缚。各种环境因子与营养因子的控制和改善给农作物生长提供了最适宜的环境条件，使农作物产品实现周年生产地供应，使单位土地面积的作物产量和品质大大提高。

“工厂化农业”概念是1994年原国家科委启动“工厂化高效农业”重大科技产业工程立项工作时首次提出，在此之前，农业专家通常把“使用人工设施、人工控制环境因素，使植物获得最适宜的生长条件，从而延长生产季节，获得最佳产出”的农业生产方式称为设施农业，园艺专家称之为设施园艺。