文化背景差异
人们心目中的药师，总是与抓草药、配药水联系在一起，与药房、药店、药库联系在一起。药学本科教育出现后才逐步有所改观，但其焦点仍然是围绕药学自身的实际问题，如药品的稳定性和配伍稳定性、处方筛选、制剂工艺、药品检验方法、药品的体外/体内质量评价等，而对药物与机体间的相互作用、病理、生理状态对药物体内处置的影响等研究则相对匮乏。
美国作为临床药学的发源地，其成就和作用已得到世界上大多数国家同行的认可。医院药学强化了医师、药师、护士之间的协调关系，突出临床药师在临床用药中的决策指导地位。医院药剂科成为集药品采购、药品养护、处方调配、处方审核、临床用药指导、药学监护、临床用药评价、药品情报、药物不良反应监察、药学咨询等一系列工作为一体的综合机构。大量研究表明，临床药师参与合理用药决策使医院内发病率和死亡率呈下降趋势，临床药师提出的用药方案和建议大部分被采纳或经过修改后采纳。美国卫生系统药师协会(ASHP,原名“美国医院药师协会”)明确了药师的作用。例如：在感染性疾病的治疗、临床药物动力学研究、药物滥用的预防与辅助治疗等方面药师的角色。
2 医疗体制上的差异
建国以来，我国的医院是政府实行一定福利政策的公益事业单位。已实行多年的公费医疗制度中暴露出药品大量浪费、离退休职工医药费在企事业单位中所占的比例过大等问题，给国家带来沉重的负担。医药费用与个人利益没有直接利害关系，患者希望医生给用最好的药物，以期尽快地解除病痛；对医院而言，患者的需要就是医院的需要，医疗质量是第一位的，忽视了医疗和药物资源的过度消费。这种情况下开展临床药学存在相当的难度。
美国的医疗保险制度是由个人、保险公司、国家或企业三家共同负担医疗费用。保险公司对受保人有一定额度的限制。如果医药费用少于保险额度，个人负担就少，医院可以截留节余部分。如果是因为治疗或用药不当导致住院时间延长，超过了保险额度，超出部分由医院负担。又如台湾的全民医保和社会医保制度，也是要求全体公民参加一项公有或私营保险公司的保险项目。这样，患者在关心医疗质量的同时，必然要关心医疗费用；在选择安全有效的治疗药物的同时，关心药物价格和医疗费用；对于因不恰当的药物或治疗引起的住院日延长、医药费用增加会相当敏感。对于临床药师的出现，持积极和配合的态度。
3 医院运营机制上的差异
目前，我国医院运营上普遍存在着价格与价值背离的问题，
